Thành lập năm 1988 với tên gọi Câu lạc bộ bóng đá Năng lượng Điện Tohoku, Vegalta gia nhập J-League năm 1999 sau một vài năm thi đấu tại JFL, với tên gọi Brummell Sendai, họ lên hạng năm 1995 từ Giải khu vực Tohoku. Khi gia nhập J-League, cái tên Vegalta đã được chọn như một sự tôn kính tới lễ hội nổi tiếng Tanabata ở Sendai. Tên hai ngôi sao của Tanabata huyền thoại, Vega và Altair đã được gộp lại thành Vegalta.

Họ lần đầu thăng hạng cao nhất năm 2002, nhưng rớt hạng ngay sau đó. Họ một lần nữa lên hạng năm 2010.

Năm 2011, bất chấp gặp động đất và sóng thần, họ vẫn kết thúc ở vị trí cao, thứ 4 ở hạng đấu cao nhất. Năm 2012, dẫn đầu bảng xếp hạng phần lớn mùa giải, nhưng trước sự cạnh tranh của đối thủ mạnh Sanfrecce Hiroshima, cùng với trận thua ở vòng áp chót trước đội bóng đang trong cuộc chiến trụ hạng Albirex Niigata kiến họ mất chức vô địch, kết thúc ở vị trí thứ 2, vị trí cao nhất trong lịch sử câu lạc bộ